水利部推進農業水價改革思路是：按促進節約用水、降低農民不合理水費支出、保障灌溉工程良性運行原則，推進農業水價綜合改革，建立灌排工程運行管理費用財政補助機制。
具體措施將包括：一是在加快大中型灌區節水改造續建配套同時，推進末級渠系與骨干工程同步配套建設，有效解決因末級渠系不配套引起的農田灌溉“最后一公里”等問題，促進節約用水，減少因輸水損失過大造成農民不合理的水費支出；二是進一步完善供水計量設施；三是對末級渠系和供水計量設施建設采取“民辦公助”、“先建后補”的獎勵機制，對農民用水協會啟動資金、運行管理費用給予適當財政補助。